El aura (signo de advertencia de una migraña inminente) por lo general dura de 20 minutos a una hora, y desaparece antes que el dolor de cabeza empiece. En algunos pacientes, sin embargo, éste se prolonga por horas o días, y permanece presente antes, durante, y después del dolor de cabeza. En estos casos, se dice que el paciente padece de migraña complicada.
Existen muchos tipos de migraña complicada. La migraña oftalmopléjica, por ejemplo, se caracteriza porque afecta los nervios que se encargan del movimiento del ojo, paralizándolos de manera parcial o completa. La migraña retiniana, por otra parte, se caracteriza porque presenta alteración visual en la retina, a diferencia de la migraña con aura que afecta la parte del cerebro que se encarga de la visión. La migraña hemipléjica se caracteriza porque puede ser hereditaria (relacionada con un cromosoma), presenta síntomas de infarto, dolor y/o cansancio muscular. La migraña de la arteria basilar, previamente conocida como síndrome de Bickerstaff, tiene síntomas parecidos a la migraña con aura. Posteriormente desarrolla síntomas neurológicos relacionados con la base del cerebro (tronco cerebral), y afecta la parte trasera de la cabeza, ocasionando como consecuencia vómitos severos. A diferencia de la migraña con aura, que se caracteriza porque su dolor afecta sólo un lado del cuerpo (unilateral), la migraña de la arteria basilar afecta ambos lados (bilateral).
Existe la posibilidad que todos estos tipos de migraña complicada aumenten el riesgo de producir cambios neurológicos permanentes no irreversibles, y también afecten los resultados de las Imágenes por Resonancia Magnética (MRI), como en el caso de un infarto. Para reducir el riesgo de infarto y/o consecuencias a largo plazo, se debe evitar fumar y usar medicamentos como los beta-bloqueadores, triptanes, y ergotaminas; también se debe evitar el uso de hormonas durante el periodo de menopausia, y pastillas anticonceptivas. Los bloqueadores de calcio y medicamentos antiepilépticos suelen ser la mejor alternativa para la prevención de la migraña complicada.